Le collège des vice-présidents (ou conférence des vice-présidents) met en œuvre les travaux de l’assemblée et rend compte au Président.
L’assemblée plénière, qui réunit les membres de droit, les personnalités qualifiées et les membres élus, se tient à Paris deux fois par an, en mars et en septembre.
Le bureau, de 31 membres, composé du président de l’assemblée, des trois vice-présidents, des présidents, vice-présidents, secrétaires et rapporteurs des commissions permanentes ainsi que des présidents de groupes, assure la continuité des travaux pendant l’intersession. Il se réunit quatre fois par an (habituellement en mars, mai, septembre et décembre).
Les membres sont répartis au sein de commissions spécialisées qui préparent les rapports soumis au bureau ou à l’assemblée plénière. Chaque membre fait obligatoirement partie d’une commission permanente et d’une seule. Les commissions permanentes, qui regroupent au maximum 41 membres, sont actuellement au nombre de cinq :
- La commission des affaires culturelles et de l’enseignement
- La commission des affaires sociales
- La commission des finances et des affaires économiques
- La commission des lois et règlements
- La commission de l’Union européenne
Chaque commission permanente est dotée d’un président, de deux vice-présidents, d’un secrétaire et d’un rapporteur général.
En outre, l’Assemblée des Français de l’étranger dispose de deux commissions temporaires : celle des Anciens combattants (créée en 1991) et celle de la Sécurité des Français à l’étranger (créée en 2006).
Peuvent aussi être créés en tant que de besoin des groupes de travail ad hoc. C’est ainsi qu’ont existé un « groupe des nouvelles technologies », un groupe « assurance des Français spoliés ». Actuellement, un groupe « communication » est constitué autour du collège des vice-présidents.